インボイス制度の申請方法をわかりやすく解説！申請手順・注意点を紹介

インボイス制度の申請がすでにスタートしています。

企業の担当者の方の中には、どのように申請を行えば良いのか、必要な申請書類等はどんなものになるのかなどを考えている方も多いでしょう。きちんと申請が行えなければ、適格請求書発行事業者の認可が下りず、インボイス制度の適用がされません。

そこで今回は、インボイス制度の申請方法とその手順、申請の際の注意点などを解説します。

インボイス制度とは

インボイス制度は、売り手側が買い手側に正確な適用税率や消費税額を伝えるために設けられた制度です。

2023年10月1日から施行される予定で、現在はインボイス制度で必要な適格請求書を発行するために必要な、「適格請求書発行事業者」になるための申請期間が設けられています。適格請求書発行事業者にならなければ、「仕入額控除」などが受けられないため、きちんとした準備が求められます。

インボイス制度の正式名称は「適格請求書等保存方式」と呼ばれています。「適格請求書等保存方式」とは、請求書はもちろん、領収書やレシート、納品書などあらゆる書類のことを指します。

インボイス制度は売り手側にも買い手側にも適用される制度です。売り手側は、買い手側からインボイスの交付を求められた場合には、交付する義務が発生します。

こういったインボイス制度が必要になる背景には、軽減税率などさまざまな商品や取引に対して、どちらの税率が適用されているかを明確に把握する必要が出てきたからです。なぜなら、税率が明確に把握されなければ、不正の温床になってしまうのはもちろん、徴税側も適正な税収には至らないからです。

インボイス制度で発行する請求書には、現行の区分記載請求書の内容に加えて「登録番号」と「適用税率および消費税額等の記載」の項目が追記されていることが必要です。これらが追記された請求書を用いた書類、もしくはデータを活用することで、買い手側は正確な「仕入額控除」を受けられるようになります。

なお、これらに対応した請求書でなければ、適格請求書発行事業者であったとしても「仕入額控除」などは受けられないため注意が必要です。

適格請求書発行事業者になるためには、2023年3月31日までに申請を行い、税務署長の認可を受ける必要があります。認可が下りて初めて「適格請求書発行事業者」となり、インボイス制度に対応することが可能です。

インボイス制度への対応が必要な理由

インボイス制度への対応が必要な理由として挙げられるのが、制度への対応はもちろん、自社の売上減少にもつながってしまう恐れがあるからです。

インボイス制度の施行後に、適格請求書発行事業者となっていない場合、適格請求書の発行ができず、取引先からの要望にも対応することができません。そのため、取引先は適格請求書が発行できない企業と発行できる企業で税務の処理が異なってくるため、手間が発生しています。

加えて、取引先も適格請求書が手に入らないため、仕入税額控を受けることができません。そのため、取引先に対しても不利益を与えてしまいます。

さらに、インボイス制度への対応が主流になれば、適格請求書の発行が行えないことで取引停止になったり、取引を行ったとしても値引き要求などが行われたりする可能性があります。こういった背景から、インボイス制度への対応が必要であるといえます。

インボイス制度の申請方法

インボイス制度への申請する方法としては、紙の郵送により申請を行う方法と、e-Taxによって申請を行う方法の2つがあります。必要な書類や登録申請書を揃えたうえで申請を行う必要があります。

いつまでに対応が必要？

インボイス制度が施行されるのは、2023年10月1日からです。しかし、2023年10月1日からのインボイス制度に対応するためには、原則として2023年3月31日までに登録申請書を提出する必要があります。2022年9月現在、登録申請はすでに始まっているため、早めの対応が必要であるといえます。

なお、2023年3月31日までに書類の申請が難しい場合は、その理由を登録申請書に記載し、2023年9月30日までに提出することで、2023年10月1日からの認可が下りる可能性があります。しかし、こちらはイレギュラーの対応であるため、2023年10月1日からきちんと運用したいのであれば、2023年3月31日までに登録申請書を提出するのが望ましいでしょう。

インボイス制度の申請手順：紙の郵送の場合

紙による申請は、次のように進めます。各ステップについて解説していきましょう。

申請書の作成
税務署への提出かインボイス登録センターへの郵送
書類審査
審査結果後に公表
通知

申請書の作成

まずは、国税庁のホームページから「適格請求書発行事業者の登録申請書」をダウンロードし、申請書の作成を行います。なお「適格請求書発行事業者の登録申請書」は、以下の2種類があるため、自社に適切な書類を選択して提出するようにしましょう。

適格請求書発行事業者の登録申請書（国内事業者用）
適格請求書発行事業者の登録申請書（国外事業者用）

登録申請書には、次の情報を記載して、内容が正しいかを確認します。

住所（法人の場合は本店地か事務所の所在地等を記載）
納税地の住所
氏名または名称
代表者氏名（法人の場合のみ）
法人番号
事業者区分（課税事業者か免税事業者か）
登録要件の確認（課税事業者であるか、消費税法の違反歴がないか等）

加えて、免税事業者である場合は、次の項目を追加で記入する必要があります。

個人番号（個人事業者の場合）
設立年月日（個人事業者の場合は生年月日）
事業内容
設立年月日および資本金
2023年10月1日より課税事業者になる場合は、所定の箇所にチェック
消費税課税事業者届出書を提出し、課税事業者になる場合は所定の箇所にチェックを入れ、課税期間の初日の日付を記入

すべての項目がきちんと記入され、問題がなければ提出する運びになります。

なお、申請後に登録内容の変更などが必要になった場合は、次の2つの申請書を作成して変更申請を行う必要があります。変更の申請も紙での提出とe-Taxでの提出のどちらでも対応しているため、自社の申請しやすい方法で行ってください。

適格請求書発行事業者登録簿の登載事項変更届出書
適格請求書発行事業者の公表事項の公表（変更）申出書

税務署への提出かインボイス登録センターへ郵送

紙での申請を行う場合は、管轄の税務署へ提出を行うか、インボイス登録センターへの郵送を行います。提出する書類は次のとおりです。

適格請求書発行事業者の登録申請書
本人確認書類（マイナンバーカード、通知カードなどの番号確認書類と運転免許証などの身元確認書類）

本人確認書類の提出を行う際は、管轄の税務署であれば、提示を行うだけで問題ありません。インボイス登録センターへの郵送を行う場合は、コピーを取り「適格請求書発行事業者の登録申請書」と一緒に送付します。

インボイス登録センターへ郵送する場合は、管轄によって地域が分かれていますので、必ず所定のインボイス登録センターへ郵送するようにしてください。

なお、自社が送付するインボイス登録センターの管轄がどこになるかは、国税庁の以下のページから確認できますので、併せて確認してみてください。

郵送による提出先のご案内（国税庁）

書類審査

書類の提出が完了したら、提出を行った税務署かインボイス登録センターにて書類審査が行われます。審査内容は明らかになっていないため、書類に不備がないようにきちんと確認して提出することが大切です。

繰り返しになりますが、2023年10月1日の施行開始時に適格請求書発行事業者になるためには、2023年3月31日までの登録申請が必要です。期日までにきちんと申請を行うことが必要になるため、ゆとりを持って申請作業を行いましょう。

審査結果後に公表

書類審査が完了すると、審査結果後に「適格請求書発行事業者」として公表されます。公表された登録番号などが国税庁の登録簿に記録され、公表された日付が登録年月日になります。

登録内容の確認は、「インボイス制度適格請求書発行事業者公表サイト」に掲載されるため、通知された後に以下のページから自社がきちんと「適格請求書発行事業者」に登録されているかを検索してみてください。

インボイス制度適格請求書発行事業者公表サイト（国税庁）

通知

すべての手続きが問題なく完了すれば、所管の税務署からインボイス制度の登録番号と登録手続き完了のお知らせが通知されます。なお、登録番号は法人の場合は「T＋法人番号」で記載され、個人事業主等の場合には、「T＋13 桁の数字」が登録番号になります。

インボイス制度の申請手順：e-Taxの場合

e-Taxによる申請手順は次の手順で進めます。

申請データの作成と送信
登録通知をメールで受け取る
登録通知データを確認する

e-TaxはWebでの申請になるため、紙での申請よりもシンプルになっています。紙の発行などが特別必要ない場合は、e-Taxでの申請がおすすめです。

申請データの作成と送信

e-Taxではまず、「e-Taxソフト(WEB版)」か「e-Taxソフト(SP版)」にアクセスし、企業代表者等のマイナンバーカードを活用してログインを行います。

なお、紙での申請と異なり、マイナンバーカードが必須となっています。そのため、e-Taxで申請を行う場合には、必ず用意してください。

ログイン後に利用者識別番号を取得し、登録申請データの作成を行い送信することで、申請になります。e-Taxでの申請は質問形式になっており、自社の内容に適したものを回答する仕組みになっています。そのため、スムーズに申請を行うことが可能です。

登録通知をメールで受け取る

申請時に登録したメールアドレス宛に「登録通知データ」のメールが送られます。メールの中にはURLが記載されており、URLからリンクにアクセスします。

アクセスを行うとe-Taxのトップ画面になるため、申請時と同様にマイナンバーカードを利用してログインを行い、内容を確認します。

登録通知データを確認する

登録通知データからログインを行い、「送信結果・お知らせ」から内容を確認します。「送信結果・お知らせ」から「通知書等一覧」、「適格請求祖発行事業者通知書」を選択していき、該当の内容を確認していきます。

なお、通知書の内容は紙での申請時と同様になります。

申請時の注意点

インボイス制度の申請を行う際の注意点は、主に次の4点が挙げられます。それぞれの注意点について解説していきましょう。

提出期限を厳守する
申請用紙の記入ミスに注意する
免税事業者の場合は2枚目の記載に注意する
インボイス制度登録の取り消す場合も確認しておく

提出期限を厳守する

繰り返しになりますが、2023年10月1日のインボイス制度開始日に適格請求書発行事業者になるためには、2023年3月31日までに申請を行う必要があります。

止むを得ない事情がある場合のみ、申請書にその理由を明記のうえ、2023年9月30日までに申請を行うことで認可が下りる可能性があります。ただし、基本的には2023年3月31日までの申請を厳守することが大事です。

適格請求書発行事業者になれず適格請求書が発行できなければ、仕入税額控除などが受けられないため、厳守しましょう。

申請用紙の記入ミスに注意する

申請用紙の記入ミスなどが発生してしまうと、税務署などで差し戻しになってしまい、改めて申請書類を作成する必要が生じてしまいます。その場合、登録までにさらに時間がかかってしまうため注意が必要です。

期限ギリギリで提出を行った場合には、差し戻しによって間に合わない可能性もあるでしょう。所在地等が正しく記載されているか、必要な書類が貼られているか、チェックボックスにはきちんとチェックが入っているかなどを確認し、社内でダブルチェックの体制を整えるなど、万全な状態で提出を行いましょう。

免税事業者の場合は2枚目の記載に注意する

免税事業者の場合、2枚目の申請書に記載が必要になります。

その際に、2023年10月1日からの適格請求書発行事業者となりたい場合は、2枚目の1番上にあるチェックボックスにチェックを入れます。それ以外の期間に登録を行いた場合は、2枚目の上から2番目のチェックボックスにチェックを入れる必要があります。

なお、1番上にあるチェックボックスにチェックを入れた場合は、「消費税課税事業者届出書」の送付が不要になりますが、上から2番目のチェックボックスにチェックを入れた場合は、「消費税課税事業者届出書」の送付が必要です。それぞれの内容について、きちんと確認して送付するようにしましょう。

インボイス制度登録の取り消す場合も確認しておく

インボイス制度申請後に制度登録を取り消す場合は、「適格請求書発行事業者の取消しを求める旨の届出書」を作成して提出する必要があります。

なお、提出後すぐに取り消しが行われることはなく、届出書を提出した日を含む課税期間の翌課税期間の初日に効力が失効します。また、課税期間が終了する30日前以降に届出書を提出した場合は、翌々課税期間の初日に効力が失効するため、提出する日付によってタイミングが変わってくるため、きちんと認識したうえで対応することが必要です。